Atacul FBI împotriva spionilor naziști a început în mai 1940, cu un mesaj în cod Morse trimis prin radio, pe unde scurte, dintr-un bungalou de lemn de pe plaja din Centerport, New York, un orășel din Long Island. Mesajul a traversat Oceanul Atlantic și a ajuns într-un birou din Hamburg al spionajului militar german, Abwehr.

Abwehrul a răspuns cu un flux constant de ordine pentru agenții secreți ai Germaniei în America. Abwehrul voia rapoarte despre gradul de pregătire militară al Americii, despre instruirea trupelor, fabricarea de avioane, livrările de avioane  de luptă către Marea Britanie, construirea de portavioane, manuale de arme chimice, fabricile de mașini-unelte, vizoare pentru bombardiere și mișcările navelor militare pe mare. Instrucțiunile radio erau trimise unei rețele de 33 de agenți. Unii lucrau pentru companii ca Westinghouse Electric, Ford și Crysler; alții serveau pe navele ce străbăteau Atlanticul.

Abwehrul credea că operatorul radio care primea ordinele în bungaloul din Long Island și trimitea înapoi la Hamburg teancuri de informații era un cetățean american naturalizat în vârstă de 40 de ani, William Sebold.

Dar la butoane nu era Sebold, ci FBI.

Sebold era un veteran din armata germană, ce luptase în Primul Război Mondial, mic comerciant pe mare și mecanic de avioane, care a locuit și a lucrat la New York și San Diego, iar la începutul lui 1939 s-a întors în Germania. Înarmat cu un pașaport american nou, cu ordine de la Abwehr și 500 de dolari bani gheață, a fost trimis înapoi la New York. S-a predat singur FBI-ului pe 8 februarie 1940, după ce a debarcat la capătul unei călătorii din Italia, la bordul SS Washington. A declarat că la întoarcerea în Germania a fost recrutat cu forța de serviciul de informații german, care l-a ținut închis într-o școală de spionaj din Hamburg și l-a instruit în codificarea mesajelor și în tehnicile comunicațiilor secrete.

Pe 3 iunie 1940, Berle s-a dus la biroul lui Hoover, de la sediul central al FBI. Au avut „o lungă întrevedere despre coordonarea operațiunilor de informații” și au căzut de acord, după cum a scris Berle în jurnalul lui, „că a venit momentul să luăm în considerare înfințarea unui serviciu secret de informații – ceea ce presupun că are fiecare Minister de Externe din lume, dar noi nu am avut niciodată”. Opt zile mai târziu, ei au aprobat un plan redactat în grabă de subalternii lor privitor la ceva fără precedent în istoria Statelor Unite.

FBI avea să creeze o agenție de spionaj, sub cea mai profundă acoperire. Existența ei nu avea să fie recunoscută. Pentru cineva din exterior, avea să arate ca o corporație cu sediul la New York și cu sucursale în toată lumea. Reprezentanții ei în străinătate aveau să culeagă masiv informații pe baza însărcinărilor secrete trimise de la cartierul general, fără să știe cine urma să citească rapoartele acasă, în Statele Unite. Avea să se numească Serviciul Special de Informații.

Hoover a înființat Serviciul Special de Informații (SIS) pe 1 iulie 1940, cu fonduri dintr-un cont secret creat de președinte. Congresul nu știa nimic despre el. Nu exista nici o lege care să-l autorizeze. S-a scris foarte puțin despre asta, cu excepția unei istorii a FBI, compilată după al Doilea Război Mondial și păstrată secretă mai bine de 60 de ani.

Când Japonia a atacat Statele Unite la Pearl Harbour, în duminica de 7 decembrie 1941, Hoover avea planul de război deja pregătit. Agenții lui adunau de luni de zile informații despre suspecții politici din America.

Președintele i-a sporit lui Hoover puterile în vreme de război. Hoover și-a asumat responsabilitatea de a verifica trecutul și reputația fiecărui aspirant la o funcție în structurile guvernului. A început să lucreze cu autoritățile de la pașapoarte și imigrări pentru controlul granițelor Americii, al aeroporturilor și al gărilor. De asemenea, avea în grijă și securitatea sutelor de fabrici care produceau material de război. A fost însărcinat cu cenzura presei americane. Hoover și oamenii lui au început să deschidă corespondența privată la New York și Washington, precum și telegramele trimise prin Western Union, International Telephone and Telegraph Company și Radio Corporation of America.

Nu cu mult timp înainte de Pearl Harbour, Hoover și ajutoarele lui scriseseră despre obiectivele urmărite de Marea Britanie în război, și anume „să fie, la sfârșitul războiului, într-o poziție care să-i permită să organizeze lumea”. Hoover considera că rolul respectiv aparținea de drept Statelor Unite. Bomba atomică avea să fie cheia pentru supremația Americii. Și Hoover credea că FBI era singurul care putea proteja secretul și puterea securității naționale a Americii.

Bătăliile finale ale războiului nu fuseseră purtate încă. Dar Hoover își începuse deja lupta pentru controlul asupra serviciilor secrete americane. El începea să fixeze cursul Războiului Rece pentru Guvernul Statelor Unite.