Prin urmare, această carte nu se concentrează asupra Inchizițiilor medievală și italiană. În vreme ce multe dintre procedurile folosite de organismul spaniol – cum ar fi, de exemplu, secretul desfășurării ședințelor tribunalului – erau moștenite de la Inchiziția medievală, diferența esențială este că, în vreme ce Inchiziția medievală era controlată de papalitate sau de reprezentanții acesteia, Inchiziția spaniolă înființată în 1478 a ajuns direct sub controlul coroanei spaniole.

Acest lucru a făcut ca Inchiziția din Spania, iar apoi cea din Portugalia să beneficieze de un nou început. Primii inchizitori erau instalați în reședințe regale, iar primul inchizitor general din Spania, Tomás de Torquemada i-a izgonit pe inchizitorii medievali din Aragon și i-a plasat acolo pe oamenii lui. La primul autodafé din Spania, care a avut loc la Sevilla pe 6 februarie 1481, au fost arși pe rug șase oameni, în ciuda faptului că, în conformitate cu precedenta procedură inchizitorială, această sentință nu era justificată – toate acestea reprezentau elemente care avertizau că noul tribunal al credinței avea să fie diferit.

Astfel, unul dintre motivele cele mai solide pentru care ne concentrăm asupra Inchiziției portugheze și a celei spaniole este că avem de a face mai curând cu o chestiune de putere și de folosire abuzivă a puterii decât de o scuză pentru a relua propaganda anti-catolică a trecutului. În timpul înființării și dezvoltării Inchiziției din Portugalia, papalitatea a fost mereu mai binevoitoare decât Coroana portugheză din vremea lui Ioan al III-lea: dacă Ioan le-a interzis evreilor convertiți să părăsească Portugalia în 1532, papa Clement al VII-lea le-a acordat o amnistie generală în 1533; când, după înființarea Inchiziției în 1536, Ioan a dorit ca episcopul de Lamego să devină inchizitor general, papalitatea a refuzat, de teamă că acesta va fi prea violent; când a emis bula Meditatio Corbis pe 16 iulie 1547, care în cele din urmă, îi oferea Inchiziției portugheze aceleași libertăți ca și celei spaniole, papa Paul al III-lea a făcut acest lucru cu condiția ca vreme de un an oricine dorea putea părăsi Portugalia fără nici o problemă, scăpând astfel de orice persecuție. În mod similar, când instituția Inchiziției din Spania a ajuns să comită excese de violență, papa Sixtus al IV-lea s-a străduit din greu să limiteze puterea noului organism și s-a plâns monarhilor Ferdinand și Isabella.

În realitate, rolul papei în privința Inchizițiilor din Portugalia și Spania a fost aproape întotdeauna moderat. Papalitatea a manifestat întotdeauna rezerve privind adoptarea de sancțiuni împotriva exceselor comise de Inchizițiile din Peninsula Iberică și a fost mereu ocolită. Leonardo Donato, un călător italian, scria în 1573 că papa nu avea „nici o legătură” cu Inchiziția spaniolă și că papa Pius al V-lea nu reușise să își impună voința pentru a obține un post pentru un slujitor de-al său. Până și victimele Inchiziției ajunseseră să recunoască diferența dintre justiția de la Roma și cea din Peninsula Iberică, ca de exemplu Juana Roba, o morisca (descendentă a unui musulman convertit), pusă sub acuzare la Valencia în 1587 pentru că afirmase, între altele, că „de vreme ce papa lăsa pe fiecare să trăiască potrivit credinței sale la Roma, de ce lucrurile stăteau altfel [în Spania]?